부동산을 오랫동안 보유한 사람이 주택을 매도할 때 양도소득세 부담을 줄여주는 대표적인 제도가 장기보유특별공제입니다.

특히 1세대 1주택자가 고가주택을 매도할 경우 장기보유특별공제는 실제 납부해야 할 양도소득세에 상당한 영향을 미칠 수 있습니다.

그런데 2026년 발표된 세제개편안에서는 장기보유특별공제의 핵심 기준이 크게 달라질 예정입니다.

가장 중요한 변화는 “얼마나 오래 보유했는가”에서 “얼마나 오래 실제로 거주했는가”를 더 중요하게 보는 방향으로 제도가 변경된다는 점입니다.

정부는 1세대 1주택자의 장기보유특별공제를 보유기간 중심에서 거주기간 중심으로 전환하고, 기존에 별도의 한도가 없었던 공제액에도 상한을 두는 방안을 발표했습니다. 다만 2026년 현재는 정부의 세제개편안 단계이므로 국회 심의 과정에서 내용이 달라질 수 있습니다.

장기보유특별공제란 무엇인가?

장기보유특별공제는 일정 기간 이상 부동산을 보유한 사람이 해당 부동산을 양도할 때 발생한 양도차익에서 일정 금액을 공제해 주는 제도입니다.

예를 들어 주택을 오랫동안 보유하면서 상당한 양도차익이 발생했다면 전체 양도차익에 대해 바로 세금을 계산하는 것이 아니라, 법에서 정한 장기보유특별공제를 적용한 후 과세표준을 계산하게 됩니다.

따라서 주택을 오래 보유한 사람에게는 장기보유특별공제율이 몇 %인지가 매우 중요한 세금 변수가 됩니다.

특히 고가 1주택의 경우 1세대 1주택 비과세를 적용받더라도 12억 원 초과 부분에 해당하는 양도차익은 과세대상이 될 수 있기 때문에 장기보유특별공제의 중요성이 더욱 커집니다.

2026년 장기보유특별공제의 가장 큰 변화

이번 개편의 핵심은 거주기간의 중요성을 높이는 것입니다.

기존 제도에서는 1세대 1주택자가 장기간 주택을 보유하면 높은 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있었습니다.

그러나 앞으로는 단순히 주택을 오랫동안 가지고 있었다는 사실만으로 높은 공제를 받는 것이 아니라, 실제 주택에 거주한 기간을 보다 중요하게 반영하는 방향으로 변경됩니다.

정부는 실수요자와 실제 거주자를 중심으로 세제 혜택을 제공하기 위해 장기보유특별공제를 보유 중심에서 거주 중심으로 전환하겠다는 방침을 제시했습니다.

따라서 앞으로 고가주택을 장기간 보유할 계획이라면 단순히 “몇 년 보유했는가”뿐만 아니라 **“몇 년 거주했는가”**를 함께 관리해야 합니다.

2027년에는 어떻게 변경되나?

정부안에 따르면 2027년은 장기보유특별공제 제도의 과도기가 될 예정입니다.

2027년에는 보유기간과 거주기간을 함께 반영하는 방식으로 변경하는 방안이 제시됐습니다.

기본적인 구조는 다음과 같습니다.

• 거주기간: 연 4%
• 보유기간: 연 4%
• 최대 공제율: 80%
• 적용기간: 최대 10년

즉, 2027년에는 보유기간과 거주기간을 각각 반영하여 장기보유특별공제율을 계산하는 방식으로 전환하는 것입니다.

따라서 장기간 보유했지만 실제 거주기간이 짧은 주택은 과거보다 공제 혜택이 줄어들 가능성이 있습니다.

반대로 오랫동안 보유하면서 실제로 거주한 1세대 1주택자는 상대적으로 유리한 구조가 될 수 있습니다.

2028년부터는 거주기간이 더욱 중요해진다

2028년부터는 거주기간의 비중이 더욱 높아질 예정입니다.

정부안에서는 다음과 같은 구조가 제시됐습니다.

• 거주기간: 연 6%
• 보유기간: 연 2%
• 최대 공제율: 80%
• 적용기간: 최대 10년
• 장기보유특별공제액 한도: 20억 원

예를 들어 같은 10년 보유 주택이라 하더라도 실제 거주기간이 긴 사람과 거주하지 않고 장기간 보유한 사람의 장기보유특별공제 금액에 차이가 발생할 수 있습니다.

이러한 변화는 실거주 1주택자에게 세제 혜택을 보다 집중하려는 정책 방향으로 볼 수 있습니다.

2029년부터는 거주기간 중심으로 더욱 강화

2029년 이후에는 거주기간의 중요성이 더욱 커질 예정입니다.

정부안에서는 2029년 이후 장기보유특별공제를 다음과 같이 변경하는 방안이 제시됐습니다.

• 거주기간: 연 8%
• 보유기간: 별도 추가 공제 없이 거주기간 중심
• 최대 공제율: 80%
• 적용기간: 최대 10년
• 장기보유특별공제액 한도: 10억 원

즉, 앞으로는 단순히 “20년 동안 집을 보유했다”는 것보다 “그 집에서 얼마나 오랫동안 실제 거주했는가”가 훨씬 중요해지는 구조입니다.

장기보유특별공제 변경 내용을 한눈에 보기

구분	거주기간	보유기간	최대 공제율	공제액 한도
2026년 현재	기존 제도 적용	기존 제도 적용	최대 80%	기존 제도
2027년 정부안	연 4%	연 4%	최대 80%	별도 전환기준
2028년 정부안	연 6%	연 2%	최대 80%	20억 원
2029년 이후 정부안	연 8%	거주 중심	최대 80%	10억 원

여기서 중요한 점은 2026년 현재 바로 새로운 방식이 시행되는 것은 아니라는 것입니다.

정부 발표에 따르면 양도소득세 개편은 2027년 1년간 유예기간을 거친 뒤 2028년부터 적용하는 방향입니다. 따라서 실제 주택을 언제 매도하는지에 따라 적용되는 규정이 달라질 수 있습니다.

장기보유특별공제액에도 한도가 생긴다

이번 개편에서 또 하나 주목해야 할 부분은 장기보유특별공제액에 한도를 설정하는 것입니다.

기존에는 일정 요건을 충족하면 높은 공제율을 적용받을 수 있었지만, 앞으로는 양도차익이 매우 큰 고가주택의 경우 공제율뿐만 아니라 실제 공제받을 수 있는 금액에도 상한이 적용될 예정입니다.

정부는 실거주 1주택자의 최대 공제율 80%는 유지하면서도 양도차익이 큰 경우에는 공제액 한도를 적용하는 방향을 제시했습니다.

따라서 고가주택을 보유한 사람은 앞으로 공제율과 공제금액 한도를 모두 확인해야 합니다.

장기보유특별공제는 1세대 1주택 비과세와 별개로 봐야 한다

장기보유특별공제를 이해할 때 가장 많이 하는 실수 중 하나가 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제를 같은 제도로 생각하는 것입니다.

두 제도는 서로 다른 개념입니다.

1세대 1주택자가 비과세 요건을 충족하면 일정 범위의 양도차익에 대해 비과세가 적용됩니다.

그러나 고가주택의 경우 12억 원 초과 부분에 해당하는 양도차익은 과세대상이 될 수 있습니다.

이때 과세대상 양도차익을 계산한 후 장기보유특별공제를 적용하는 과정이 중요합니다.

따라서 고가 1주택자는 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제를 함께 검토해야 합니다.

장기보유특별공제 계산에서 거주기간이 중요한 이유

앞으로 장기보유특별공제가 거주 중심으로 변경되면 주택을 투자 목적으로 장기간 보유하는 경우와 실제 거주하는 경우의 세금 차이가 커질 수 있습니다.

예를 들어 두 사람이 동일한 가격의 주택을 동일한 기간 동안 보유했다고 하더라도 한 사람은 장기간 실제 거주했고 다른 사람은 임대를 주고 거주하지 않았다면 향후 장기보유특별공제에서 차이가 발생할 수 있습니다.

따라서 주택 매도 시점만 생각할 것이 아니라 취득 시점부터 보유기간과 거주기간을 함께 관리하는 전략이 필요합니다.

주택을 팔기 전에 반드시 확인할 사항

2026년 이후 주택을 매도할 계획이라면 다음 사항을 미리 확인하는 것이 좋습니다.

1. 주택 취득일
2. 주택 양도 예정일
3. 전체 보유기간
4. 실제 거주기간
5. 1세대 1주택 여부
6. 양도가액
7. 취득가액
8. 필요경비
9. 12억 원 초과 고가주택 여부
10. 적용되는 장기보유특별공제율
11. 장기보유특별공제액 한도
12. 양도 시점의 세법

특히 고가주택을 보유하고 있다면 매도 시기를 몇 개월 또는 1~2년 조정하는 것만으로도 세금 차이가 발생할 수 있으므로 계약하기 전에 세금 계산을 해보는 것이 중요합니다.

2026 장기보유특별공제 변경 핵심 정리

2026년 장기보유특별공제 개편의 핵심은 한마디로 **“보유에서 거주로”**입니다.

2027년에는 보유기간과 거주기간을 함께 반영하는 과도기를 거치고, 2028년부터는 거주기간의 비중이 더욱 커지며, 2029년 이후에는 거주기간 중심의 공제 구조가 더욱 강화될 예정입니다.

또한 기존의 높은 공제율을 유지하면서도 고가주택에 대해서는 장기보유특별공제액 한도가 새롭게 적용될 예정입니다.

따라서 앞으로 1세대 1주택 고가주택을 보유한 사람이라면 단순히 “오래 가지고 있으면 세금이 줄어든다”라고 생각해서는 안 됩니다.

보유기간 + 실제 거주기간 + 양도가액 + 취득가액 + 12억 원 고가주택 기준 + 매도 시점을 함께 고려해야 합니다.

특히 2026년 현재 발표된 내용은 정부의 세제개편안이므로 최종 법률이 확정되기 전까지는 변경 가능성이 있습니다. 주택 매도 계약을 체결하기 전에는 최신 법령과 최종 시행 내용을 반드시 확인하는 것이 안전합니다.

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공식 참고자료

이번 글은 2026년 정부가 발표한 세제개편안의 양도소득세 및 장기보유특별공제 관련 내용을 기준으로 작성했습니다. 정부안은 국회 심의 및 법률 개정 과정에서 변경될 수 있으므로 실제 양도소득세 신고 시에는 최종 확정된 법령을 확인해야 합니다.

정부의 2026년 세제개편안은 정책브리핑 공식 자료에서 확인할 수 있습니다.